Второй сезон аниме сериала «Ниндзя Нобунаги ТВ-2» снова рассказывает о девочке Чидори, некогда спасенной благородным самураем Одой Небунага. Теперь она подросла, набралась боевого опыта и решила пойти на службу к нему в качестве воина-ниндзя. Но этим воином ей еще предстоит стать, а пока позади пять лет упорных тренировок. Друг Чидори Суказо, без которой ему свет не мил, тоже решает отправиться во дворец к великому полководцу Небунага, чтобы поступить к нему на службу вместе с девушкой.

Об этом естественно благородный самурай ни сном, ни духом не ведает, и прибытие двух новых воинов для него - как снег на голову. Чидори даже и не представляет, во что ввязалась, поскольку путь ниндзя полон лишений, самоотречения и очень многих тренировок. Но теперь назад пути нет, и хотя Небунага и не принимает Чидори и Суказа «на ура», но все-таки берет в свою команду. Теперь им предстоит влиться в его отряд, полностью выполнять указания Ода и даже учиться выживать. Но все это в сериале показано с замечательным добрым юмором, девчонка Чидори - ведь еще та «веселушка».