В аниме-сериале «2199: Космический крейсер Ямато» рассказывается об одном из самых крупных космических линкоров Земли, который отправили на исследование глубокого космоса. Этот корабль - последняя надежда Земли, сильно пострадавшей от столкновения с амиласианами - жестокой инопланетной расой. А ведь всего шесть лет назад земляне были потрясены новостью о том, что они не одни в холодных просторах - потрясены и счастливы. Но счастье быстро сменилось разочарованием, а разочарование - ужасом. Голубая планета так и не оправилась от нанесенных по ней массированных ударов, но когда появился шанс уничтожить захватчика, за него ухватились.

Капитана Окиту и его бравый экипаж отправляют исследовать секреты космоса и других планет в поисках оружия против амиласиан. Они должны отыскать спасительный для Земли секрет, в противном случае всех ожидает гибель. Инопланетные вторженцы вот-вот доберутся и до подземных городов, где вынуждены прятаться люди, и тогда человеческая раса перестанет существовать.