В аниме «Эф - история воспоминаний» на Северном и Южном полушарии раскинулось два совершенно одинаковых города под одним и тем же названием - Отова. На севере живет старшеклассник Хиро Хироно, который рисует манги. Из-за своего увлечения парень недостаточно много времени уделяет учебе. В Рождественскую ночь мимо Хиро пронесся грабитель. Появляется Мияко Миямура, которая без разрешения Хироно берет его велосипед и начинает преследовать злоумышленника. После этого парень и девушка начинают дружить.

Такой поворот событий не нравится подруге детства Хиро, Кэй Синдо. Правда последняя тоже находит себе поклонника в лице начинающего кинематографиста Кесукэ Цуцуми.

На юге живет сестра-близнец Кэй, Тихиро. Девушка страдает редкой формой антероградной амнезии. Тихиро помнит только последние 13 часов из своей жизни. Она встречает Рэндзи Асо, который хочет ей помочь. Его друзья - профессиональный скрипач Сюити Кудзэ вместе со своей девушкой Мидзуки Хаямой тоже не остаются в стороне. Вроде бы случайные встречи. Только за всем наблюдают загадочные хранители - на Юге мужчина Ю Химура, а на Севере молодая женщина Юко Амамия.